Cây bass Roger Waters nhớ lại, do đợt thu cũng không hoàn toàn sẵn sàng, "chúng tôi chỉ gặp nhau về mặt hình thức. Thể xác chúng tôi ở đó, nhưng tinh thần và tâm hồn lại đang ở đâu đó."[5] Theo thời gian, họ quyết định chia đôi ca khúc gốc thành Parts I–V và Parts VI–IX[5]. Theo tay guitar David Gilmour và tay trống Nick Mason trong bộ phim tài liệu In the Studio with Redbeard, Pink Floyd hoàn toàn hài lòng về bản nháp của "Shine On You Crazy Diamond", nhưng do thiết bị chỉnh âm chỉ có tại phòng thu Abbey Road Studios, họ thấy cần phải thu âm lại do quá nhiều âm thanh bị nhiễu kể cả phần chơi trống[6]. Trong Part III, phần chơi piano được bổ sung "trực tiếp" trong lần chỉnh âm cuối cùng khiến cho đoạn này không thể được chỉnh âm bằng máy đa-băng. Phần thu này được chỉnh sửa và thực hiện lại bởi keyboard Richard Wright qua máy thu đa-kênh trong các ấn bản Immersion Edition và SACD[7].

"Chúng tôi cùng thực hiện phần nhạc nền từ nhiều ngày trước, nhưng chúng tôi đưa ra kết luận rằng nó chưa đủ tốt. Vậy nên chúng tôi cùng làm lại trong chẵn 1 ngày và nó tốt hơn rất nhiều. Tiếc rằng có ai đó ở khu kỹ thuât lại không hiểu ý và khi chúng tôi nghe lại, chúng tôi phát hiện ra phần tiếng vọng đã bị chỉnh ngược hoàn toàn trong 2 đoạn Part I và II. Điều đó ảnh hưởng nghiêm trọng tới phần trống, guitar và keyboard chơi kèm. Không có cách nào để cứu chữa nổi, vậy nên chúng tôi đành phải cùng nhau thực hiện lại một lần nữa."

— David Gilmour, phỏng vấn David Gilmour bởi Gary Cooper[6]

"Với việc sử dụng máy 16-băng và băng 2-inch, hẳn là đã có gì đó không đúng với chiếc băng thâu lớn tới vậy. Vì thế mỗi khi chúng tôi nghe một đoạn nào đó, chúng tôi buộc phải nghe từ đầu tới cuối. Đặc biệt với Roger và tôi phụ trách phần nhịp – thứ dễ được nhận ra nhất – đó hẳn là một công việc vất vả vì tất cả mọi thứ cần phải sắp lại cho đúng chỗ."

— Nick Mason, In the Studio with Redbeard

Một sự kiện đặc biệt đã diễn ra trong quãng thời gian này. Barrett (khi đó đã to béo, cạo trọc đầu và lông mày) đã xin phép có mặt trong phòng thu. Mason không chắc chắn rằng "Shine On You Crazy Diamond" được thu âm đúng lúc Barrett có mặt tại đây hay không. Vì vẻ ngoài thay đổi quá nhiều, ban nhạc ban đầu không thể nhận ra anh. Khi đã nhận ra, Roger Waters bỗng u sầu và òa khóc[1]. Có ai đó yêu cầu họ chơi lại đoạn nhạc trước đó, song Barrett nói rằng điều đó không cần thiết và họ cùng nhau nghe lại. Khi "Wish You Were Here" được bật, "Anh ấy [Barrett] đứng lên và hỏi: "Có ai cần tôi thêm chút guitar không?"", Waters nhớ lại. "Dĩ nhiên là anh ấy không mang guitar theo, và chúng tôi nói: "Syd, ở đây không có guitar.""[8] Khi được hỏi cảm xúc khi nghe toàn bộ album Wish You Were Here, Barrett cho rằng nó "hơi cũ". Anh đột ngột biến mất khỏi lễ cưới của Gilmour với Ginger Hasenbein, diễn ra cùng ngày hôm đó[9]. Gilmour cũng nhớ tới sự kiện này, cho dù anh không thể nhớ chính xác Barrett đã tham gia vào phần nào của album[10].

"Roger ở đó, ngồi trên bàn, rồi tôi tiến tới và thấy một người ngồi kế bên cậu ấy – một gã to lớn, béo và hói đầu. Tôi liền nghĩ "Gã này trông hơi... kỳ..." Tôi cũng ngồi cùng Roger rồi chúng tôi cùng nhau làm việc khoảng 10 phút, rồi gã đàn ông kia đứng lên, xỉa răng rồi lại ngồi xuống – toàn những hành động kỳ lạ, song lại rất yên lặng. Vậy nên tôi hỏi Roger: "Gã nào đây?", cậu ấy trả lời "Tôi không biết" và tôi nói: "Tôi đoán gã ta từng là bạn của chúng ta?" rồi cậu ấy khẳng định: "Không, tôi không hề quen hắn". Rồi mọi chuyện cứ vậy trong một thời gian dài, khoảng 45 phút, rồi đột nhiên tôi nhận ra đó là Syd. Anh ấy tới từ khi chúng tôi đang tập phần hát cho "Shine On You Crazy Diamond", vốn được viết về Syd. Anh ấy, tình cờ một cách khó tin, đã tới thăm chúng tôi đúng lúc tất cả đang thu âm sáng tác về anh ấy. Chúng tôi đã không gặp anh ấy có lẽ từ 2 năm trước. Nhưng thực sự mọi điều rất là... kỳ lạ với gã đàn ông trước mặt chúng tôi. Một chút lo lắng, ý tôi là, đặc biệt khi nhìn thấy anh ấy, bạn không thể nào nhận ra ngay được. Và hơn thế, cả cái cách anh ta chọn cái ngày đặc biệt mà chúng tôi thực hiện ca khúc về anh ấy. Thực sự rất kỳ lạ."

— Richard Wright[11]